Fue el 21 de junio del 2000, en el casi inexpugnable Morumbí de San Pablo, Boca se impuso por penales al Palmeiras de Brasil y se consagró por tercera vez en la historia en la máxima competencia de clubes de fútbol a nivel continental.
La anterior Copa Libertadores la había conquistado el martes 28 de noviembre de 1978 ante el Deportivo Cali, primer equipo colombiano en la historia en llegar a esa instancia y que era dirigido por el médico ginecólogo y ex jugador que luego sería parte de la historia indisoluble del fútbol argentino; Carlos Salvador Bilardo. En Cali el resultado fue 0 a 0 y en la vuelta el Xeneize, comandado por el Toto Lorenzo, ganó 4 a 0.
Luego pasarían 21 años, desde la final perdida ante Olimpia de Paraguay en 1979, hasta que se metió nuevamente en una final de la Libertadores. Fue en la edición del año 2000, ante un complicado Palmeiras, dirigido por Luiz Felipe Scolari, que además era el defensor del título. El empate 2 a 2 en La Bombonera había dejado con gusto a poco al club de la Ribera y tenía que definir en Brasil.
Felipao, confiado, declaró antes del encuentro "Palmeiras ya es bicampeón", pero Carlos Bianchi, entrenador de Boca, tenía otros planes y una gran confianza en sus dirigidos. Pobló el mediocampo, le cortó el circuito futbolístico a su rival e impuso su presencia para “apagar” la caldera que era el Morumbí. Construyó un sólido bloque defensivo y salvo en el inicio de cada etapa, mantuvo la pelota lejos del arco defendido por Oscar Córdoba.
Le anularon un gol a Martín Palermo, a poco de iniciado el encuentro, por una dudosa posición adelantada y hubo varias polémicas en las áreas, todas amparadas por el beneficio de la duda del árbitro paraguayo Epifanio González.
Los minutos pasaron y se fueron clavando como puñaladas de nervios en el Verdao, que no encontró nunca la fórmula para quebrar el cerrojo Azul y Oro. Llegó la definición por penales y ahí los reflejos de Córdoba más la puntería de Guillermo Barros Schelotto, Riquelme, Palermo y Bermúdez, sellaron la tercera Libertadores para el Xeneize.
Ese logro significó el inicio de una seguidilla que incluyó las copas de 2001, 2003 y 2007, convirtiéndolo en el segundo equipo con más Copas Libertadores ganadas, seis, una menos que Independiente, el Rojo de Avellaneda, que cuenta con siete. También cabe mencionar que Boca es uno de los dos equipos, el otro es Peñarol de Montevideo, con más finales perdidas, cinco. La última de ellas ante su eterno y clásico rival, River Plate, en diciembre de 2018.