La figura de la objeción de conciencia se hizo conocida cuando se aprobó la ley del Matrimonio Igualitario. Entidades que se oponían, advirtieron que los funcionarios del Registro Civil que no querían casar a homosexuales, la podían plantear. El tema abrió un fuerte debate en todo el país, incluyendo a San Juan.
La doctrina se funda en los artículos 14 y 19 de la Constitución Nacional. En la práctica, es el derecho a no ser obligado a realizar acciones que van en contra de convicciones éticas o religiosas que son muy profundas o están muy arraigadas en una persona.
Explícitamente, aparece en tratados internacionales que están incorporados a la Constitución argentina. Concretamente, en el artículo 18 de la Declaración Universal de los Derechos Humanos, en el artículo 12 del Pacto de San José de Costa Rica y el 18 del Pacto Internacional de los Derechos Civiles y Políticos.
Para exponer la objeción de conciencia, en el caso de los hospitales públicos, los médicos están presentando notas antes el director o su superior inmediato.