Si bien Graph Search abre una serie de posibilidades muy esperadas por muchos usuarios, algunos analistas han criticado duramente las perspectivas del buscador. En primer lugar, Graph Search incluirá en sus resultados absolutamente todo el contenido publicado en la red social, excepto aquel que haya sido específicamente marcado como "privado". Por esto, muchos usuarios quedarán expuestos a ojos indiscretos, sobre todo aquellos que no sepan configurar a la perfección los niveles de privacidad de sus publicaciones. Es más, pocos usuarios saben que Facebook, cambió sus políticas privacidad poco antes de lanzar Graph Search y según los nuevos términos ningún usuario puede evitar aparecer en los resultados del buscador.

Por otro lado, los mismos críticos aseguran que organizaciones, empresas y hasta usuarios particulares que dominen las herramientas del buscador podrían llegar a generar listas que tipifiquen perfiles con determinadas características. Por ejemplo, podrían generarse listas con usuarios que habitualmente utilizan frases racistas u homofóbicas, que profesen cierta religión, o que hablen, mal o bien, de algún colectivo o tribu urbana, entre otras muchas posibilidades. Esto, aseguraron, podría generar graves peligros.