Ya a comienzos de temporada hubo un conflicto entre Guardiola y Müller-Wohlfahrt en el que tuvo que mediar el director deportivo del Bayern, Mathias Sammer. Guardiola quería que el médico estuviera permanentemente en la ciudad deportiva del Bayern. El médico defendió su costumbre de que los jugadores se desplacen a su consultorio y que en el día a día se ocupen los fisioterapeutas. Al final, Müller-Wohlfahrt logró imponer su criterio.