Con la formación de la Junta de Mayo de 1810 y la organización de las primeras expediciones militares al interior para asegurar el nuevo orden, fue la misma Junta que solicitó la participación en ellas de capellanes castrenses. En aquella oportunidad el Obispo de Buenos Aires, monseñor Lué y Riega, férreo defensor de la autoridad del virrey en los debates de mayo, ejercía las funciones de Teniente Vicario General del Ejército.

Ante el binomio presentado por la Junta, el Pbro. Manuel Alvariño y al mercedario Fr Manuel Escurra, Lué confirmó al segundo, pues Alvariño aún no estaba habilitado para el ministerio sacerdotal: "Puede contar VE con que el pedido a favor del P. Lector Ezcurra será despachado al modo y forma que nada le reste que desear para el remedio espiritual de aquellas tropas''. El 18 de junio se lo nombraba Capellán de la Expedición al (Alto) Perú.

A la muerte de Lué y Riega en 1812, el cuerpo de capellanes quedó sin su Jefe Jerárquico, por lo que la Junta nombró dos tenientes vicarios castrenses hasta cubrir esa deficiencia, recayendo los nombramientos en el Pbro. Dr Bartolomé D. Muñoz en el Ejército del Este (Banda Oriental) y al canónigo Dr. José A. Zavala en el Ejército del Norte (Alto Perú), solicitando a las autoridades eclesiásticas las facultades correspondientes.

Fue la Asamblea del Año XIII, quien en sesión del 28 de junio autorizó al Poder Ejecutivo a nombrar a un Vicario General Castrense, nacionalizando una institución ya existente y dependiente del vicario castrense residente en España. El 29 de noviembre de 1813, fue nombrado como primer Vicario General Castrense de los Ejércitos de la Patria el gobernador del Obispado de Buenos Aires, Dr. Diego Estanislao de Zavaleta, dando lugar a que ese día, cada año, se recuerde el Día del Capellán Militar.

Es esta la fecha de iniciación de la Vicaría General del Ejército Argentino, que por Resolución de la Secretaría de Guerra del 22 de julio de 1958 fue disuelta, creándose la Capellanía Mayor del Ejército.

Notables servicios cumplieron estos vicarios en los primeros tiempos de la patria, al decir de De Loydi: "'En su función de Patriotas, fueron los pregoneros de las ideas de independencia, sobre todo en las provincias interiores y en el Alto Perú, mediante escritos en castellano y quichua: mediante "papeles subversivos'', como lo calificara el jefe realista del Perú. Tal es el caso de Javier Iturri Patiño, capellán de la Expedición Auxiliadora al Perú, del Dr. José A. Medina, capellán de los gaucho de Salta y del célebre Dr. Idelfonso de las "Muñecas''.

Castelli escribió el 10 de noviembre de 1810, que en su paso de Jujuy a Tupiza había encontrado "más de 3.000 indios de armas y en ventajosas disposiciones gracias a la dirección de unos curas, cuya adhesión el nuevo Gobierno me es constante''. El realista Vigodet escribía desde la Banda Oriental, "En vano sacrificaría mis desvelos para restituir el orden y tranquilidad perdidos si los pastores eclesiásticos se empeñan en sembrar la cizaña, en enconar los ánimos y en alterar el orden persuadiendo la rebelión a las leyes patrias''.

Hoy los cuyanos recordamos la labor de los capellanes del Ejército de los Andes, que desempeñaron con mérito su papel, y cuyos nombres rescata Monseñor Verdaguer: "Además del Vicario General Castrense don José Lorenzo Güiraldes, acompañaron al Ejercito de los Andes, los presbíteros José Gregorio Meneses y Guerrero y Casimiro Albano y Pereira, (chilenos emigrados a Mendoza en 1814 después de la derrota de Rancagua) en calidad de Tenientes del Vicario, el Pbro. Dr. Julián Navarro que había acompañado al general San Martín en la Batalla de San Lorenzo, los dominicos PP Domingo Jaraquemada (también chileno, nombrado posteriormente por O'Higgins Primer Capellán de los Ejércitos de Chile en marzo de 1817) y José Félix Aldao y el Pbro. Sanjuanino José de Oro, quien exhorto al ejército antes de la batalla de Chacabuco y atendió a los heridos en esta batalla''.

Con la descripción de los meritoria contribución de Fray Luis Beltrán al ejército que nació en Cuyo, en la pluma del Gral. José de San Martín, hemos rendido homenaje a estos hombres de Dios y de la patria en su día: "'A sus conocimientos y esfuerzos extraordinarios, se debe el transmonte de la cordillera con el mejor suceso por las escarpadas y fragosas cordilleras de los Andes. Nada se ha resistido a su tesón infatigable''.