El 27 de octubre de 1894 San Juan sufrió un terrible terremoto, él de mayor magnitud en su historial sísmico, catástrofe que también ocurrió, al igual que el de 1944, un día sábado. El sismo se percibió en general en toda la provincia, pero en algunos sitios con más violencia, causando grandes daños.
El departamento Iglesia -que quedó en ruinas- junto a Jáchal, la localidad de Mogna, Albardón, Angaco, el entonces Angaco Sur, Caucete y Valle Fértil fueron los más afectados, sin descartar la capital. Del mismo modo las provincias vecinas se vieron afectadas, especialmente La Rioja.
El terremoto comenzó con un ligero movimiento ondulatorio horizontal que paulatinamente se fue acrecentando, hecho este que afortunadamente permitió a los habitantes abandonar sus casas y situarse en sitios abiertos, por lo que hubo un número reducido de víctimas. Horacio Videla dice que otra circunstancia providencial fue que ocurrió un día sábado por la tarde, "hora de descanso de la población, sin aglomeración en locales públicos". La sacudida de la tierra fue acompañada por un ruido ahogado y penetrante que causó estupor en la población. En algunos puntos el suelo se elevó de nivel o se abrieron impresionantes grietas, colapsando el vital sistema de regadío y consecuentemente la actividad agrícola. Por su parte el ingeniero Juan Siri (su testimonio es el más importante) cuenta que una nota escalofriante la dieron los animales, los cuales con sus premonitorios aullidos, junto a al repique de las campanas de los principales templos citadinos, acentuaron el miedo y el pánico que soportaban los desprevenidos habitantes. Centenares de familias perdieron sus casas y las pocas que quedaron en pie fueron abandonadas, improvisándose rústicas viviendas hechas de carpas, ramadas o simplemente guareciéndose bajo los árboles o encatrados.
Las plazas y calles de la ciudad capital se colmaron de gente que elevaban plegarias a Dios, levantándose pequeños altares donde los sacerdotes rezaban por las almas de los fallecidos y por la vida de los sobrevivientes. El terremoto además destruyó una parte de los edificios públicos de la ciudad, otros quedaron inhabitables, por lo que las autoridades gubernamentales se instalaron en la Plaza 25 de Mayo, y desde allí el entonces gobernador don Domingo Morón dirigió la ayuda.
En el país entero se organizaron centros de ayuda y aún en el exterior. A posteriori se constituyó una comisión de notables que realizaron un pormenorizado estudio científico del terremoto, brindando un significativo informe, incluso hubo un proyecto de trasladar la ciudad a la zona de Marquesado, pero la idea no prosperó.