La recuperación del servicio ferroviario de cargas en la provincia, un anhelo de varios sectores vinculados con la producción local, es una deuda pendiente por ahora de difícil concreción debido al mal estado en que se encuentran las vía de ramales que dejaron de funcionar hace tiempo. Tal es el caso del ramal del Ferrocarril Belgrano que ingresa a la provincia desde el Norte pasando por las localidades cauceteras de Bermejo, Marayes y Vallecito hasta llegar a Pie de Palo desde donde retoma hacia el Sur con destino a Mendoza pasando por 25 de Mayo y Sarmiento, y el tramo que une San Juan con Jáchal o ramal A7 del Ferrocarril Belgrano que después de una época de mucha actividad a mediados del siglo pasado quedó en el abandono, dejando a ese importante departamento sin un servicio clave para el desarrollo económico.
La necesidad de contar con trenes de carga para sacar la producción de determinados sitios de la provincia lo testimonian productores de cal de la zona de Los Berros en el departamento Sarmiento y productores agrícolas y también mineros del departamento Albardón que están utilizando este medio de transporte desde esos lugares con ciertas ventajas en relación al uso de camiones. Esas vías son las que están actualmente en funcionamiento y las que vinculan a San Juan con el resto del país en combinación con la provincia de Mendoza.
El proyecto de construcción del Túnel de Agua Negra, que prevé un sistema de empalme ferroviario a través de la cordillera, era en su momento la gran oportunidad para reestablecer el ramal San Juan-Jáchal. Pero la paralización de la iniciativa ha alejado esta posibilidad, por lo menos hasta que las autoridades locales vuelvan a interesar a las chilenas sobre esta obra, tratativas reiniciadas tras la asunción del nuevo gobierno de Chile.
Está comprobado que el transporte en tren es mucho más conveniente que el de automotor. Lo que ocurre actualmente es que el ferrocarril a nivel país representa solo el 5% de las cargas transportadas en comparación a la de los camiones. Estudios técnicos efectuados sobre la competitividad del tren determinan que el ferrocarril supera a la del modo automotor en trayectos superiores a los 300 kilómetros.
Un cambio de este esquema o modo de transporte haría necesario reestablecer el sistema ferroviario básico de cada provincia, determinando que San Juan recupere parte de la red ferroviaria que actualmente está ociosa o muy deteriorada.