El sistema de alcantarillado de la ruta en su tramo de Ischigualasto a Huaco no sólo fue pensado como una canalización para evacuar el agua y los sedimentos en épocas de crecidas propios de un camino de montaña. Muchas alcantarillas también fueron concebidas como vía de paso para la fauna del lugar, particularmente guanacos, con el fin de que los animales puedan circular sin necesidad de tener que atravesar la calzada. En el caso de los guanacos, estos animales tardan hasta cuatro años en definir nuevos recorridos naturales de circulación, por lo que se previó que algunas alcantarillas tengan las dimensiones suficientes para que puedan pasar. En definitiva, una combinación entre resguardo de los cursos de agua y protección de la fauna.
Un caso emblemático es el de la alcantarilla identificada en la obra como la 29.770, realizada en hormigón, fabricada en forma previa y luego armada en el lugar. Son dos tubos contiguos rectangulares que con dimensiones de 3,50 metros por 5,50 metros cada uno, conforman una de las alcantarillas más grandes. Ubicada en el ingreso al túnel 5 desde Ischigualasto a Huaco, su ingeniería fue concebida para que ante eventuales crecidas en época estival, puedan soportar grandes trozos de sedimentos e intensos caudales de agua. Por su ubicación y dimensiones, reviste de características que también la hacen apropiada para que los animales pasen por ella.
En total la Ruta 150 reúne 500 alcantarillas desde el tramo que va desde Ischigualasto hasta Peñasquito, que es donde se ubica la última obra camino a Chile. De este total sólo 350 se sitúan en el tramo que va desde Ischigualasto a Huaco, lo que manifiesta la complejidad de la geografía.
Las alcantarillas se ubican en zonas de terraplén que es en donde está la quebrada. La cantidad es proporcional a la de cursos de agua que atraviesen la ruta, porque precisamente el fin de la alcantarilla es permitir que el agua siga su curso pero sin interrumpir la calzada. En el caso particular de esta obra se utilizaron tres tipos, de chapa, caño y hormigón armado. Las de hormigón son las tradicionales, aunque también se utilizó una mezcla, con una base de hormigón y la parte superior de caño. En cuanto a su forma, no son circulares totalmente (son más bien ovaladas o elípticas) a fin de que la estructura no se deforme ante la carga superior. El tamaño más comúnmente utilizado puede variar desde los 80 centímetros de alto hasta los 2,50 metros.