Hay documentos que afirman que debajo de la ciudad de San Juan, hay otro San Juan ocupado por cadáveres que fueron sepultados hace más de dos siglos. Son cementerios, que en su momento se llamaron camposantos o enterratorios y estaban en los predios cercanos a las antiguas iglesias y conventos. Según los historiadores, estos sitios dejaron de funcionar por las epidemias. Quien hizo una investigación sobre el tema fue la profesora Leonor Paredes de Scarso. La existencia de estos enterratorios salieron a la luz en el año 2000 con el hallazgo de los huesos en la vereda de la Catedral. Según los documentos que maneja la historiadora, fueron nueve los cementerios. La mayoría estaban ubicados cerca de la plaza 25 de Mayo, como el de Santa Ana, el de San José, la Merced, San Agustín y Santo Domingo. También estaban los enterratorios de San Pantaleón, el de Concepción, el de San Clemente y Santa Bárbara.
La hipótesis que plantea la existencia de estos enterratorios en distintos puntos de la ciudad tiene su razón de ser. Según Scarso, la práctica de crear cementerios contiguos a los templos data del siglo XVIII y es una costumbre heredada de España. Además, en estos cementerios sólo se sepultaba a pobladores de alta sociedad o que estaban vinculados con la iglesia. También era común hacer entierros dentro de las mismas capillas, pero con la autorización del párroco.
