Luego del Mundial de Sudáfrica 2010, producida la desvinculación de Diego Maradona del equipo nacional, la AFA le pidió a Batista que asuma como técnico interino para enfrentar los compromisos post Mundial. En esa condición estuvo frente a Irlanda con una victoria por 1 a 0; España, campeón del mundo, al que venció 4 a 1, caída frente a Japón por 1 a 0 y finalmente fue confirmado como entrenador, previo a dirigir ante Brasil, al que también superó por 1 a 0.

Como entrenador de la mayor, el Checho disputó 17 encuentros. Ganó 8, empató 6 y perdió 3. El 2 de noviembre de 2010 fue designado oficialmente como técnico hasta la Copa Mundial de 2014. En todo ese lapso, oficialmente tuvo una sola prueba, que fue la reciente Copa América, en la que Argentina se fue en cuartos de final en su propia casa tras ser eliminada por penales por Uruguay.

Eso dio pie para el renovado cuestionamiento hacia el trabajo de Batista, cuya buena imagen de los primeros amistosos empezó a debilitarse con la fallida gira por Nigeria (1-4) y Polonia (1-2). Fue justamente un mes atrás, en la caída ante los africanos, que el roce entre el DT y el presidente de AFA, Julio Grondona, nació cuando el dirigente acusó a Batista de dilapidar el prestigio de la albiceleste al responsabilizarlo por la goleada que sufrió, sumado a que para ese partido probó a jugadores menores de 25 años que militan en Europa y que en su mayoría no fueron convocados para la Copa América.

"En el futuro será distinto", advirtió Grondona, al sostener que "no se puede jugar contra un equipo como Nigeria, que pone a los mejores jugadores, con un equipo que no estaba al nivel. A los jugadores que en Europa no son titulares en sus equipos no hay que probarlos", dijo.

A esa tensión ya existente, se le sumó el adiós de la Copa ante Uruguay y el pobre nivel exhibido por el equipo (empates con Bolivia y Colombia, triunfo al Sub 23 de Costa Rica), aun local y con la presencia de Lionel Messi, desbordó la paciencia de los dirigentes que lo habían aceptado a regañadientes. Al Checho le cuestionaron por la presencia de Nicolás Burdisso, Esteban Cambiasso, Gabriel Milito o Javier Zanetti, quienes es un hecho que no podrán estar en el siguiente Mundial. También lo dejó muy mal parado su cambio de postura en el tema de Carlos Tevez, a quien primero descartó y luego llamó sobre el final para la Copa tras un pedido del propio Grondona.