Al brigadier General don Cornelio Saavedra no le afectaron tanto los dolores españoles como los provocados por sus amigos revolucionarios. El presidente de la Primera Junta de Mayo, pronto sufrió el destierro político y la pobreza extrema. Luego de la desastrosa batalla de Huaqui o Desaguadero, en la actual Bolivia, Saavedra viaja en agosto de 1811 a Salta para reorganizar los restos del ejército patrio, con Juan Martín de Pueyrredón al frente. Recibe allí la noticia de su destitución por el Primer Triunvirato, y la orden de permanecer distante primero y de abandonar la ciudad luego. Todavía le exigen comparecer en Buenos Aires para ser sometido a juicio, pero antes caen sus jueces.
Elige Cuyo para su obligada residencia, llega a San Juan a mediados de marzo de 1812, prosiguiendo a Mendoza a la espera de su esposa y sus cuatro hijos, con quienes retorna a esta capital en junio de ese año. El diligente y difamado gobernador porteño, que lo estima, Saturnino L. Sarassa, lo será sólo hasta fines del año siguiente. Sufrirá Saavedra el autoritarismo y el odio inaudito de la Asamblea del año XIII (al punto de ser excluido de la amplia amnistía política declarada por el cuerpo en febrero de 1813), y del posterior y breve directorio de Posadas.
Vivió en la manzana de Santa Fe y Mendoza actuales, en una casa prestada y que deseó comprar, gracias a la predispuesta condición humana y social de José Ignacio Fernández Maradona, hombre de acrisoladas virtudes y poder consolidado, pues fue diputado vocal de la Junta Grande y alférez real perpetuo del Cabildo de San Juan, hasta que se cruzó con Rivadavia, alternando uno y otro ulteriores luces y sombras. Ese roce de actitudes se renueva y permanecerá inalterado hasta la muerte. Irónicamente, Rivadavia cruza a todas las calles del interior provinciano.
El Brigadier se agrega a pequeñas tareas vitivinícolas imaginables, para subsistir, pues los $45 mensuales que le prometen allá en el Norte nunca llegaron. San Juan era por entonces un pueblo de poco más de tres mil habitantes, de ranchos y casas bajas, sin una economía establecida, firme y alentadora. La gente era demostrativa y buena, avecindada y lenta. "Tuve sentimiento de dejar a mi mujer y mis hijos tiernos en San Juan, bien que con el consuelo del favor que disfrutaba de aquel noble y hermoso vecindario", escribirá el prócer en su Memoria autógrafa, ya tranquilo y sobre el final de su vida.
A comienzos de 1814 la mano del poder se llama Alvear, quien recrudece la persecución y lo intima a presentarse en la capital para ser juzgado. Saavedra, junto a su pequeño hijo Agustín de 10 años, a lomo de mula junto a dos baqueanos, sale de San Juan el 7 de marzo (el 21 nacerá su último hijo, Pedro Cornelio, en esa esquina sanjuanina), en ocho días cruza la cordillera y llega a la hacienda de Jorge Miranda ya cerca de Coquimbo, adonde arriba a mediados de abril con buen acogimiento de sus autoridades, patriotas con la incertidumbre de la pelea por la independencia. Pide acceder a Santiago y le conceden un lugar en esa capital, adonde llega el 9 de junio con excelente trato y estancia. Era tal el encono hacia él del gobierno porteño que pidió su extradición, por medio de Juan José Paso, quien era el delegado en Chile. Pero la batalla, el desastre de Rancagua, en octubre de ese año, decide el curso de su vida y el de la historia americana. Más de dos mil combatientes y pobladores comunes cruzan a Mendoza, huyendo de la furia española, entre ellos Saavedra y su hijo. Desde Uspallata envía a éste donde su madre en San Juan, y él queda atento ahora a la decisión del gobernador interino, que respondía a Alvear. Rumbo al Norte cordillerano, llega a Colangüil con un arriero ocasional. En un rancho de tapias y techo de juncos a dos aguas, de dos piezas con un ventanuco al Sur, propiedad de un tal Montaño que bien lo asiste junto a su familia, permanece casi cuarenta días. Respondiendo a un pedido de la esposa de Saavedra y de él mismo, el general San Martín, quien era el gobernador intendente de Cuyo desde septiembre, aprueba de inobjetable modo su reencuentro con ella y sus hijos esa Navidad en San Juan. Nunca mejor el simbolismo. Más pobre que nunca, se siente renacer y así lo deja escrito, pues era de ver y advertir grandezas y miserias al andar; aquí, una lontananza de olas candorosas, y allí, el cautivo solitario de las piedras altas. "Mi estadía en San Juan y Chile me hizo comprender el silencio de las montañas; ese enorme y pavoroso silencio de Dios que tantas cosas dice al que bien lo escucha".
La biografía señala que el Presidente de la Primera Junta del 25 de Mayo de 1810, Cornelio Judas Tadeo Saavedra Rodríguez, nació en Potosí de Bolivia en 1759. Se radicó en Buenos Aires con su familia cuando tenía 8 años. Se casó en 1788 con su prima María Francisca de Cabrera Saavedra de la que tuvo a Diego, Manuel y Mariano, y viudo en 1798 se casa con Saturnina Otárola tres años después, quien lo acompaña en su exilio sanjuanino y procrean a Agustín y Pedro. Mariano, nacido en agosto de 1810, será dos veces gobernador activo de la provincia de Buenos Aires.
Un bisnieto del prócer, Carlos Saavedra Lamas, será el primer premio Nobel de la Paz latinoamericano en 1936, y su único hijo fue un alocado homicida, confeso y condenado en Córdoba.
El sanjuanino Fernández Maradona le cedió al prócer un carro bien equipado en el que, junto a su familia y apoyado en una caravana, partió a la capital en pleno enero de 1815. Dos meses de travesía para llegar al puerto. Se presentó ante Carlos María de Alvear el 25 de marzo, y lo resuelto quedó en nada pues al mes cae su gobierno. Alvarez Thomas asume el Directorio y ratifica los severos cargos orillero, carlotista, conservador enviándolo a Arrecifes. En octubre de 1818, Pueyrredón le restituye todos sus honores con rango y función, pago retroactivo de sueldos incluso, con moneda depreciada, comandando la frontera de Luján y nuevo exilio en Montevideo durante el tormentoso 1820.
Se radica cerca de Zárate actual y alcanza a tener dos centenas de mulas, burros y yeguarizos como un capital honorable y digno. Allí fallece el 29 de marzo de 1829, sin renegar nunca de un procerazgo tan ignorado y difícil.