El cardenal Jorge Bergoglio sería citado a declarar como testigo en el juicio por los crímenes cometidos en la ESMA, luego que una testigo lo comprometiera en el secuestro de dos sacerdotes jesuitas durante la dictadura. La ex detenida María Elena Funes relató el secuestro de los curas Francisco Jalics y Orlando Yorio, a quienes el ahora arzobispo porteño les había quitado la licencia.
En 1973 Bergoglio era provincial de la orden de los jesuitas, a las que pertenecían ambos curas que ejercían su labor sacerdotal en una villa del Bajo Flores, donde vivían. La testigo, que también realizaba labores de alfabetización y evangelización en esa villa dijo que Yorio le había relatado que el jefe de la orden les había quitado el permiso de ejercer "por razones ideológicas", y explicó que una semana mas tarde, ambos curas "fueron secuestrados".
Yorio permaneció secuestrado durante 5 meses y liberado por una gestión vaticana, a partir de eso pasó a desempeñarse en la diócesis de Quilmes junto al fallecido obispo Jorge Novak, en tanto Jalics vive en Italia y en un libro de 1999 reiteró sus críticas al proceder de Bergoglio.