Pese a que Albardón fue poblado por los conquistadores después de la fundación de la ciudad de San Juan, no tuvo templo ni oratorio hasta muchos años después. Puede decirse que este departamento nació con la construcción del fortín de Las Tapias, para defender la ciudad de posibles ataques de los nativos del norte. Esta zona antes conocida como ‘Finca de Angaco”, que fuera propiedad del segundo jefe de la expedición de Juan Jufré, Don Juan Eugenio de Mallea, por herencia de su esposa Theresa de Ascencio hija del cacique Angacao (no Angaco), en primer lugar, y merced real otorgada por Luis Jufré, posteriormente, el 21 de junio de 1593. Años mas tarde la nieta de Mallea donó la estancia a Los Dominicos quienes de a poco parcelaron y vendieron parte a distintas familias que se asentaron en la zona.
Pese a que por cédula real del 2 de Octubre de 1765 estas tierras pasaron a manos de la Iglesia, no se construyó ningún oratorio en el lugar. Por este motivo los sacerdotes que llegaban de tanto en tanto en misiones de una o dos semanas, efectuaban sus ritos en la casa de algún vecino que la ofrecía amablemente o el que tuviera mas lugar. Allí se efectuaban bautismos y casamientos, con fiestas multitudinarias a las que asistían todos los lugareños. Esta situación se mantuvo invariante hasta que en 1830 se fundó en Villa El Salvador la parroquia de Angaco de la cual pasó a pertenecer Albardón desde aquel momento. La comunidad católica de la zona continuó creciendo.
El 25 de Abril de 1853, el entonces Provisor Timoteo Maradona, creó el Curato de Albardón, iniciativa que no prosperó por disidencia generada con el gobierno que también tomó injerencia en este asunto. La disputa terminó con la detención de Maradona, quien fue liberado y trasladado a Paraná por Salvador María del Carril quién estaba entonces a cargo del gobierno de la confederación.
En 1866 el Dr. Camilo Rojo, promueve una ley para erguir la Villa San Martín para lo cual expropia 4 manzanas y designa un solar en la manzana oeste frente a la plaza, para construir el templo.
El 19 de Enero de 1869 el gobernador Manuel Zaballa decreta la división del curato de Angaco con jurisdicción en la Villa San Martín, por lo que el 23 de Enero el obispo de Cuyo, el célebre Fray Weneslao Achával, manda a llamar al presbítero Don Mateo Eloy Sarmiento que estaba en Jáchal para que se hiciera cargo del nuevo curato. A su vez decretó la creación de la Parroquia de Albardón.
Años mas tarde el cura Lucas Rodríguez, inició una campaña a fin de convocar a la comunidad y el gobierno para recaudar fondos y construir el tan ansiado templo. Los vecinos colaboraron con dinero, palos, adobes y demás materiales que tenían a su alcance. Contaba el Ing. Abraham Tapia que él acarreaba adobes cuando niño, para ayudar en la construcción. Los trabajos comenzaron en 1883 y terminaron 16 años mas tarde.
El templo se inauguró el 22 de Mayo de 1899, aún sin revestir el frente, con una gran fiesta a la que asistió el entonces Obispo de Cuyo Fray Marcolino del Carmelo Benavente.
El nombre de Nuestra Señora de los Desamparados, se cree que se lo colocó el presbítero Hermegildo García, ya que aparece este nombre en documentos oficiales a partir de 1880, período en el cual él era el párroco.
Las Campanas: Contaba César H. Guerrero que para cuando concluyó la obra los recursos se habían agotado pero era necesario dotar a la iglesia de tan notorio aditamento. Generosamente un artesano fundidor de nacionalidad chilena, Claudio Mercado, se ofreció a moldear las campanas, para lo cual los vecinos aportaron el metal, cobre y estaño para hacer el bronce. Las mujeres albardoneras donaron sus joyas para darle el tañido dulce que se logró con el agregado de oro en el bronce. Se construyeron tres, una grande y dos chicas.
El terremoto de 1894, tiró la torre donde yacía la campana grande, lo que provocó una grieta. Para 1926 los hermanos Soria iniciaron un movimiento para recaudar fondos y dotar a la iglesia de nuevas campanas. Pero no sería tarea fácil pues los tiempos que corrían eran diferentes y conseguir los materiales sería una empresa formidable. El Sr. Rafael Pontoriero, viñatero e industrial italiano, radicado en el departamento ofreció en su nombre y de sus hermanos donar las campanas requeridas, para lo cual encargó a una empresa rosarina tres de campanas fabricadas en acero.
En 1944 nuevamente un terremoto azotó San Juan y redujo a escombros la obra que tanto esfuerzo le había llevado erguir al pueblo de Albardón. Lo único que sobrevivió fueron las campanas.
Ocho años más tarde se comenzó a construir un nuevo templo en el mismo lugar donde pereció el anterior. La nueva edificación de ladrillos y mampostería tiene un área cubierta de 525 metros cuadrados (40 de largo por 15 de frente y 11 m de alto en el frente). Se inauguró el 18 de mayo de 1960, nuevamente sin revestimiento exterior y la bendición estuvo a cargo del Arzobispo monseñor Rodríguez y Olmos.