Cuyo fue el campo de cruzadas, escenario de epopeyas donde los mercedarios se dieron por entero. El origen de la Orden se encuentra en España, cuando en el mes de agosto de 1218 don Pedro Nolasco tuvo una visión donde se le ordenaba fundar la Orden, cuya finalidad era liberar a los cristianos cautivos de los árabes y corsarios turcos. La Real Orden de los Mercedarios fue fundada solemnemente en la catedral de Barcelona, por el rey Jaime I el Conquistador, por lo que toca a su carácter militar y por don Pedro Nolasco. La palabra ‘merced” en la Edad Media significaba: gracia, limosna, misericordia.
El mercedario Juan de Infante acompañó a Colón en su primer viaje y desde entonces no dejaron de afluir a tierras americanas.
Desde el Perú partió Francisco de Villagra con destino a Chile para auxiliar a Valdivia, en el invierno de 1551 quedó detenido por las nieves invernales. Con él venían tres sacerdotes: el padre Luis Bonifacio, quien luego sería el primer sacerdote en el Pueblo Viejo (Concepción); el presbítero Nuño de Abrego y el mercedario Antonio Rendón Sarmiento, fundador de conventos en Chile, donde murió en 1596.
Los misioneros en aquella época acostumbraban a llevar un altar portátil, de manera que por la vía de la hipótesis, según Eudoxio Palacios, la primera advocación Mariana que pasó por Cuyo fue la de la Merced, llevada por el padre Rendón Sarmiento. A este sacerdote le corresponde el mérito de haber introducido la vid en Cuyo.
Cuando Juan Jufré fundó la ciudad de San Juan, en el lugar conocido como Pueblo Viejo, hoy Concepción, en el plano existente en el Archivo de Indias, al hacer el trazado de la ciudad se dejó lugar para el convento e iglesia. Los primeros tiempos fueron muy difíciles, por la pobreza del lugar. Para el establecimiento de los Mercedarios en San Juan se tuvo a la vista una Carta de los Regidores de San Juan dirigida al Provincial. Así se designó a Fr. Juan de Ocampo para fundar el convento de San Juan, por orden del Provincial de Santiago don Francisco Ruiz. Este convento del siglo XVI tuvo una existencia efímera, pues no se encuentra en las actas capitulares y si sabemos que en 1601 estaba sin habitar. El lugar designado en el traslado de la ciudad fue la manzana que actualmente ocupa el Colegio Nacional Monseñor Pablo Cabrera. Actuales calles: Av. Rioja, Santa Fe, Tucumán y Mitre. Siendo la única manzana, salvo la de plaza 25 que se ha mantenido casi intacta.
La vida de los mercedarios cambió por una donación consistente en tierras con viña y casas. Acordaron nombrar como superior al padre definidor Fr. Francisco Castro, quien poco puede hacer pues fallece al poco tiempo. La donación es la que hace el vecino don Antonio Rufino ante el escribano Sánchez de Loria. La viña frutal tenía 3 cuadras, con uva moscatel; 3 aposentos de vivienda con puertas con cerrojo y llave; un bodegón de 12 varas; 400 arrobas de vasijas, tinajas nuevas y viejas y un alambique nuevo. Esta donación al parecer fue muy importante, pues es la que constituyó la base rentística para el establecimiento permanente de los mercedarios.
El 16 de julio de 1755, se presentó en la ciudad Fr. José Durán, quien hizo ratificar el documento.
La iglesia con la advocación de Nuestra Señora de la Merced miraba hacia la calle Tucumán antes de la Merced. El resto de la manzana ocupado por el convento y huerta. En el siglo XIX tenía el título de hospicio, donde residían solo 2 o 3 frailes como consecuencia de que en 1823 en el gobierno de Salvador María del Carril se dictó la Ley de Reforma de Regulares en San Juan (7 art.) completada luego en el gobierno de José María del Carril en 1870.
Se incautaron los bienes, se instalaron oficinas públicas y en ocasiones, al decir de Horacio Videla, ‘los bienes fueron a parar a manos particulares”.
La vieja iglesia de Nuestra Señora de la Merced fue demolida por efectos del terremoto de 15 de enero de 1944, se construyó un pequeño templo de emergencia en la esquina de las calles Santa Fe y Tucumán en el antiguo lugar de San Clemente que había sido donado a la Iglesia por la ciudad y expropiado por el Gobierno Civil.
Para templo definitivo de Nuestra Señora de la Merced, se otorgó el solar de la antigua iglesia de Nuestra Señora de los Dolores, calles Caseros y Rivadavia, en el antiguo barrio de la Chilquilla. El 31 de mayo de 1981 se inauguró la cripta y las salas parroquiales. El 15 de enero de 1986 se bendijo la casa parroquial en planta baja, oficinas y archivo histórico.
De a la consulta realizada en su oportunidad al historiador de los Mercedarios, Fr. José Brunet, llegamos a la conclusión que los documentos no existen por haber desaparecido. Sin embargo esta advocación está presente porque, como manifestó nuestro máximo historiador, Horacio Videla, ‘el agradecimiento público recordaba a esos misioneros de hábito blanco y suave palabra, con el nombre impuesto a esa soberbia Catalve de sus fatigas: El Mercedario”.