Un tema largamente debatido fue la presencia de boro y arsénico en las aguas del río Jáchal, en proporciones mucho más elevadas que lo que considera saludable el Código Alimentario Argentino. Si bien desde varios sectores se sostenía que ambas sustancias eran volcadas al río por la actividad minera, tanto desde Hidráulica como desde OSSE  y la UNSJ sostuvieron que esos elementos están presentes “desde siempre” en la cuenca del río, por el tipo de sedimentación de su suelo. Así lo demuestran informes realizados desde principios de la década de 1970, mientras que la actividad en Veladero arrancó en este milenio. En Jáchal se inauguró el año pasado un acueducto que extraía agua sin tanto boro ni arsénico de otras perforaciones. Esa obra fue financiada íntegramente con fondos provenientes de la minería.