Hace siete años, la cripta de la Catedral sufrió uno de sus peores atentados. Fue el 22 de noviembre de 2004 cuando descubrieron que se habían llevado dos copones con hostias consagradas y dejaron un papel con una inscripción agraviante al Padrenuestro. En ese momento, desde la Policía afirmaron que no había antecedentes de un caso similar, sobre todo en el sector más importante de la Catedral. Dos días después, detuvieron a un muchacho que confesó ser el autor y que había sido una broma que cometió junto a dos amigos. Monseñor Delgado se reunió con él, quien aseguró haberse arrepentido de lo que hizo. El 1 de diciembre de ese año, el ladrón de las hostias fue dejado en libertad. Esto fue porque la Justicia apuntó a su estado mental.