Sergio Batista dejó una grata impresión en Grondona tras lograr la medalla dorada en los Juegos Olímpicos de Beijing 2008 y ese fue el puntal para sostenerlo tras la etapa post Maradona. La comunión que consiguió con ese plantel y, sobre todo el impulso que le dio a Lionel Messi de hacerlo jugar en el lugar que mejor se siente y rinde en la cancha, fueron puntos trascendentales y que el Checho siempre lo dialogó con Grondona, sobre que ambos pretende un técnico que haga con Lio lo que Bilardo hizo con Maradona.
Apoyados en ello como el mayor logro, se le abre la puerta de ser oficialmente el DT de la selección mayor, porque pese a haber orientado antes a siete equipos, con ninguno logró algo importante (ver listado).
Lo mejor de su carrera arrancó en el 2005, cuando fue ayudante de campo de Oscar Ruggieri en San Lorenzo, dado que luego pasó a comandar a Godoy Cruz de Mendoza en la B Nacional, equipo que luego y ya sin él como DT, logró el ascenso a Primera dado que al "Checho" le llegó el tiempo en la celeste y blanca. Con la Argentina comenzó su camino en el 2008 haciéndose cargo de la Sub-20 y 23, con la segunda ganó los Juegos Olímpicos, aunque en el 2009 con la Sub-20 durante el Sudamericano quedó eliminado sorpresivamente del Mundial de Egipto, en lo que fue una de las mayores frustraciones de los últimos años para un seleccionado que ha sido múltiple campeón de este certamen.
A pesar de la eliminación, Batista no renunció al cargo de seleccionador y tomó las riendas de la mayor en forma interina tras la no renovación de contrato a Diego Maradona por parte de la Asociación del Fútbol Argentino.