El 29 de diciembre de 1983, fue elegido Presidente de la Comisión Nacional sobre la Desaparición de personas (Conadep) donde tuvo a su cargo investigar y publicar un informe sobre los crímenes de Estado cometidos por la dictadura militar, entre 1976 y 1983. Se relevaron miles de casos de abducción, desaparición, tortura y ejecuciones. Cada caso fue documentado en un archivo numerado y se compilaron más de 50.000 páginas.
Un resumen fue publicado en un reporte oficial en 1984. Se trata de “Nunca Más. Informe de la Comisión Nacional sobre la desaparición de personas” (Eudeba, 1984), conocido mundialmente como Informe Sábato. Allí se da testimonio de la desaparición y muerte de más de 30 mil personas desde fines de los “70 hasta principios del “80.
Además de la coordinación de la comisión, Sábato tuvo a su cargo la realización del prólogo del libro donde escribió: “…únicamente la democracia es capaz de preservar a un pueblo de semejante horror, que sólo ella puede mantener y salvar los sagrados y esenciales derechos de la criatura humana…”
