Atlético Unión comenzará la Segunda Fase del Federal A junto a 15 equipos. Se cruzará en partido y revancha con Antoniana de Salta, en partido y revancha, primero en Salta y luego en San Juan. Los ocho (8) ganadores clasifican a la Tercera Fase. Tercera Fase: Estará integrada por los ocho (8) clubes ganadores de la Segunda Fase y se utilizará el mismo ordenamiento ya detallado (ubicados del 1º al 8º). Los enfrentamientos serán de la siguiente manera: 1º con 8º; 2º con 7º; 3º con 6º; 4º con 5º. Harán de local en el primer partido las posiciones 5°, 6°, 7º y 8°. Si al término del segundo encuentro ambos equipos hubieran obtenido la misma cantidad de puntos, clasificará a la siguiente Fase quién hubiera obtenido mayor diferencia de gol (goles convertidos menos goles recibidos); en caso de persistir el empate clasificarán los numerados del 1º al 4º. Los cuatro ganadores clasifican a la Cuarta Fase. Cuarta Fase: Estará integrada por los cuatro (4) clubes ganadores de la Tercera Fase y se utilizará el mismo ordenamiento ya detallado. Se disputará por eliminación directa, a doble partido uno en cada sede. Los enfrentamientos serán de la siguiente manera: 1º con 3º y 2º con 4º. Harán de local en el primer partido las posiciones 3º y 4º . Los dos ganadores clasifican a la Quinta Fase. Quinta Fase: Estará integrada por los dos (2) clubes ganadores de la Cuarta Fase. Los clubes mantendrán en mismo ordenamiento de la fase anterior. Se disputará por eliminación directa, a doble partido uno en cada sede. El ganador asciende a la Primera B Nacional de la AFA, Edición 2016/17.
