La visión profética de Juan Pablo II hizo que el mismo se cuestionara cómo gobernar en y desde la Iglesia. La tesis presentada en la Facultad de Derecho Canónico de la Pontificia Universidad Católica Argentina y defendida el 21 de diciembre de 2009 en el Auditorium "Mons. Octavio N. Derisi", lleva como título "El Sistema Electivo del Romano Pontífice. Origen de su autoridad suprema en el ordenamiento canónico actual". Fue elaborada por el Pbro. Dr. José Manuel Fernández y dirigida por el Pbro. Dr. Ariel David Busso.
En ella se fundamenta la esencia del poder pontificio y al mismo tiempo el modo en que ese poder se debe expresar hoy. No un poder como demostración de fuerza sino expresión de servicio hacia toda la humanidad, sin descuidar la búsqueda de unidad con todas las Comunidades Cristianas que a lo largo de la historia se separaron de la Iglesia Católica. La búsqueda de Benedicto XVI es que la Iglesia llegue a todos los ámbitos y también dentro de ella se viva la caridad y la tolerancia. Un testimonio de estas deficiencias lo expresó el Pontífice en la Carta que escribió el 10 de marzo de 2009: "¿No debemos como buenos educadores apresurarnos a salir de nuestras estrecheces? San Pablo advierte: "Si se muerden y devoran unos a otros, terminarán destruyéndose mutuamente".
Este completísimo trabajo consta de 420 páginas, y para su elaboración fueron consultadas 254 obras de autores en idiomas español, italiano, francés, inglés, alemán y portugués; además de 127 obras que son ubicadas como fuentes y documentos base del tema tratado (la mayoría documentos pontificios y textos básicos empleados en la redacción de los Códigos de Derecho Canónico de 1917 y de 1983), como así también textos de diversos Concilios de la Iglesia referidos al tema de la tesis. Entre las bibliotecas frecuentadas se destaca la "biblioteca Apostólica vaticana" y el "Archivo del Vaticano" (Roma).
A lo largo de este estudio se hace hincapié en la cuestión ecuménica referida a la potestad del Pontífice. Una vez elegido, el mismo pasa a ser Pastor Supremo y Universal de la Iglesia. Pero la cuestión más candente es: ¿cómo debe ejercer el poder? Por eso es que Juan Pablo II en su encíclica sobre la cuestión ecuménica, Ut unum sint (Que todos sean uno), pide a los teólogos de las diversas Iglesias, ortodoxas, protestantes y de la misma iglesia Católica, para que lo ayuden a buscar el modo de ejercer el Primado y al mismo tiempo distinguir entre lo esencial y lo inmutable y las formas de ejercer la autoridad el Papa a través del tiempo para descubrir cómo debe ser la forma de gobernar la Iglesia hoy para abrirse a nuevas situaciones históricas. Es en este aspecto donde la tesis también hace sus aportes originales respecto a cómo debe ser el gobierno en la Iglesia Universal de parte del Papa y en las Iglesias particulares que son las diócesis.