Tras la frustración aliancista, el 27 de abril de 2003 quedó demostrado el predominio del justicialismo en la preferencia popular. San Juan y todas las provincias argentinas fueron a las urnas para elegir Presidente y la gran mayoría de los votantes les dieron su confianza a los tres candidatos de raíz peronista que se anotaron para la disputa. Carlos Menem terminó primero por escaso margen a nivel nacional y aquí, el gusto popular puso al tope de las posiciones al puntano Adolfo Rodríguez Saá. Pero ninguno de los dos se terminaría quedando con el sillón presidencial, que finalmente fue para el por entonces gobernador de Santa Cruz.

Néstor Kirchner fue segundo en el país y tercero en la provincia. Jugaba con el respaldo del PJ orgánico que en ese momento lideraba Eduardo Duhalde. En San Juan, venían haciendo campaña desde el año anterior de la mano del chimbero José "Pepe" Camacho y el justicialista Tulio Del Bono. Recién en el 2003, unos meses antes de la contienda, el peronismo local se alineó con él después de la decisión nacional de impulsarlo hacia La Rosada. En el camino había quedado trunca la opción del santafesino Carlos Reutemann, el hombre a quien Duhalde quería para encabezar en la boleta la fórmula presidencial.

El peronismo no había logrado saldar sus diferencias internas y fue partido en tres al cuarto oscuro. A pesar de las divisiones, los candidatos del justicialismo coparon el podio en la mayoría de las provincias. Independientemente de quién terminó primero, el grueso de los electores apostó por el PJ y le dio la espalda a los partidos que se ofrecían como alternativa.

Menem, Kirchner y Saá reunieron más del 80 por ciento de los votos sanjuaninos. La Provincia, como todas, venía golpeada por la crisis nacional, pero además se sentían todavía los coletazos de tres meses impagos a los empleados estatales, una abultada deuda sin renegociar que impedía obtener oxígeno financiero y un profundo revuelo institucional que terminó con el cruzadista Alfredo Avelín destituido.

Menem y Kirchner se metieron en la segunda vuelta, con el 24,09 y el 22,01 por ciento respectivamente. Pero el riojano se bajó y Néstor quedó automáticamente consagrado como nuevo presidente. En San Juan, meses más tarde, José Luis Gioja le ganó la pulseada a Roberto Basualdo por la Gobernación. Fue el inicio de una era nacional y provincial dominada por el PJ, con la oposición debatiéndose entre sí y cada vez más lejos de poder meterse en la pelea.