No fue fácil la elaboración del proyecto y tras varios estudios se llegó a la conclusión de que el túnel deberá ser más ancho sobre el lado chileno que sobre los trazados con pendientes descendentes de Argentina. Así se que el trazado quedará de la siguiente manera: el portal argentino estará emplazado en la boca de la Quebrada de San Lorenzo. Mientras que el primer sector del túnel a lo largo de esta quebrada, irá sobre la margen izquierda del arroyo por razones geotécnicas .
El proyecto también contempla la construcción de 2 túneles de tránsito unidireccional con 2 carriles cada uno, conectados entre sí a través de galerías de conexión peatonales y vehiculares en cantidad suficiente para garantizar el escape de usuarios de un túnel en emergencia hacia el otro en cualquier punto. Desde un punto de vista de la capacidad de tránsito, esta solución es muy superior a la de un túnel bidireccional, no imponiéndole a la conexión prácticamente ninguna limitación de desarrollo de demanda a largo plazo.
También, desde el punto de vista de seguridad vial es notablemente mejor, ya que evitará por completo todo tipo de accidentes que se pueden originar por circulación bidireccional en una calzada de dos carriles solamente.
El proyecto elimina por completo la posibilidad de colisiones frontales entre vehículos, otorgando la posibilidad de adelantamiento vehículos de marcha lenta dentro del túnel, ambos aspectos prioritarios desde un punto de vista de la seguridad de tránsito, especialmente considerando los efectos que la falta de oxígeno en la atmósfera genera sobre el rendimiento de los motores y el estado físico y la concentración de los usuarios.