La fatiga de tantos combates, y una pronunciada ronquera, fue el detonante de que el Sanjuanino se embarcase en el "Cosmos” junto a Faustina, su hija, en busca de una mejoría rumbo al Paraguay.
En el trayecto se detuvo en Bella Vista, Formosa, a visitar una escuelita que el había fundado durante su presidencia. Allí, les habló a los alumnos y les explicó como era una escuelita primaria de su San Juan, recordó a sus maestros y en su alocución parecía sollozar.
Ya en Asunción, se instaló fuera de los lujos que le ofrecieron, en una modesta casa que anteriormente había ocupado en la cual se sentía cómodo.
Al poco tiempo y ante una leve mejoría, fue cuando el "Gigante de Cuyo” volvió a sus andanzas. Inspiro al Senado para la creación de la Biblioteca Nacional, visitó escuelas y redactó el ultimo manuscrito que la muerte le impidió terminar, sobre la Reforma del Servicio Federal.
En un terreno que le obsequiara el Gobierno paraguayo en 1887, instaló una vivienda isotérmica de origen belga, de características similares a las casas prefabricadas que se instalaron en San Juan luego del terremoto de 1944, pero no llegó a habitarla, pues la muerte lo sorprendió antes, en la víspera del deceso.
Ya a finales de agosto de 1888 Sarmiento empeoró. El 5 de septiembre, hallándose sentado al borde de un pozo que había hecho cavar para encontrar las napas de agua, sufrió un colapso cardíaco y, contrariamente con sus actitudes de vida, ya nunca más volvió a levantarse.
El conocido médico clínico Dr. Andreuzzi , manifestó a su familia la gravedad del paciente y su probable deceso. Nuevamente el día 6 de septiembre sufre otro colapso. Preocupado su nieto, da el parte a Alcorta, y éste al ministro argentino García Moreau. Sin embargo, sorprendentemente reaccionó, como desafiando también a la muerte, pero quedando pálido y demacrado.
Y así, pasaba de momentos de alivio a la agravación y de estar acostado a sentado. Se hizo afeitar la barba y recortar el cabello. García Moreau al encontrarlo tan grave solicito una junta médica, la que diagnosticó su estado gravísimo y con lesiones orgánicas irreversibles (documento firmado por Borras, Candelón, Lofruscio, Andreuzzi).
Como presagio a su partida a lo eterno, a las 11 de la noche del día 10 de septiembre, antes de dormir, solicita un papel y ruega le dibujen un triángulo, el cual es considerado por los escritores como un acto de fidelidad a la masonería, a la que había pertenecido. Finalmente, solicitó que lo trasladaran a la cama donde pudo dormir, pero dando muestras de agitación cardíaca y dificultad respiratoria.
El día 11 comenzó más mal aún, por lo cual se decidió llamar al ministro García Moreau, pero llego tarde, ya había muerto.
Sarmiento murió sin auxilios religiosos, no obstante el 10 lo visitó su amigo, el sacerdote Lazarista Scarella, a quien no le fue permitido ingresar por sus visitantes de ese momento (García Moreau y los médicos). Sin embargo ofició sus servicios pos mortem. El motivo real de tal determinación se lo habría manifestado Sarmiento a sus hijas, que era su deseo no recibir auxilios religiosos "No quiero sacerdotes junto a mi lecho de muerte” (pag. 27 la vejez de Sarmiento). "No quiero en un momento de debilidad de mi voluntad, se me haga desmentir cuanto he concebido en pleno ejercicio de mi razón” (biografias Argentinas y sudamericanas V. 587).
Sin duda, su temor era la necesidad imperiosa de morir a tiempo, antes que la fatal opacidad crepuscular empeñe los resplandores del espíritu y comenzara la regresión sistemática de su intelecto, este sin duda fue el motivo.
Ingenieros, lo describe claramente expresando "Para él, los hombres y pueblos en decadencia viven acordándose de donde vienen, los hombres geniales y pueblos fuertes, solo necesitan saber adonde van”.
Pero sin duda la frase memorable la expresa en el discurso que le hicieran de cuerpo presente en Buenos Aires Pellegrini: "Fue el cerebro más poderoso que haya producido la América toda”.
Irrepetible e inigualable, el fin del Sanjuanino en la pobreza, pero con las glorias de sus logros conseguidas es sin duda un ejemplo de civismo y tesón.