Nació en 1956 por iniciativa de los profesores Miguel Ángel Godoy y Alicia Meglioli, ante la necesidad de un establecimiento secundario nocturno. Nació así el Bachillerato Nocturno San Juan, adscripto al Colegio Nacional Monseñor Pablo Cabrera. Las clases comenzaron a dictarse en ese año ocupando el edificio en que funcionara la Escuela Manuel Belgrano y luego Ministerio de Educación. En 1979, pasó a ocupar la planta alta de la Escuela Superior Sarmiento, su actual local y reconocido pedagógicamente por la Dirección de Enseñanza Privada. Con la Ley Federal de Educación, la currícula tradicional fue sustituida por terminalidad de EGB 3 y Polimodal en dos modalidades: Comunicación, Arte y Diseño y Humanidades y Ciencias Sociales. Actualmente, con el nuevo enfoque educativo y consecuente modificación estatutaria, lleva el nombre de "Colegio Nocturno San Juan Bautista". Al cumplir poco más de medio siglo, celebraron un nuevo aniversario con misa de acción de gracias y posteriormente, el personal docente y directivo compartieron una cena de camaradería.
