Borghi debutó profesionalmente como técnico en el fútbol chileno con Audax Italiano. Esto lo llevó al Colo Colo, donde consiguió el primer tetracampeonato de un club de fútbol en Chile y también llegó a la final de la Copa Sudamericana 2006. En abril de 2008, firmó su vínculo como técnico de Independiente haciendo su debut en el fútbol doméstico y debutó el domingo 11 de mayo, con una victoria ante San Lorenzo por 1 a 0. En mayo de 2009 asumió como técnico de Argentinos Juniors tras la renuncia de Claudio Vivas, logrando el título del torneo Clausura 2010.