Fundar el pueblo de Valle Fértil no fue una tarea fácil, sobre todo por la oposición que ejercieron los diaguitas, ya que reclamaban que ese territorio era suyo. Hacia el año 1600, estos aborígenes se trasformaron en el bastión de la rebelión y pasaron de ser nativos pacíficos y agricultores a convertirse en guerreros rebeldes y perseguidos. El último hallazgo de restos óseos que pertenecieron a estos habitantes fue en el 2006, cerca del dique San Agustín. El encuentro de estos restos corroboró que los diaguitas vivían en torno a la represa, que en aquella época era un espejo natural de agua y al que llamaban Tajamar. Los diaguitas, que pertenecían a la cultura de los capayanes y yacampis, aprovecharon el río colector de lluvias y vivieron de lo que sembraban. Pero su economía sufrió un quiebre profundo con la llegada de los españoles.

Después de esto, los nativos empezaron a trabajar para los blancos y recibieron un trato humillante. Fue cuando comenzó a gestarse la rebelión de los diaguitas.

Según los historiadores el encontronazo estalló en 1604, cuando los diaguitas del valle, cansados del maltrato, mataron a varios españoles. De ahí en más comenzaron los entrenamientos. Años más tarde, el pueblo quedó dividido en dos. Los diaguitas prácticamente fueron excluidos y esta situación colaboró para que comenzaran a extinguirse.