La elección del diputado que integrará el Consejo de la Magistratura también contó con una dosis de polémica. La importancia del organismo reside en que es el encargado de proponer a la Legislatura, la terna de nombramientos de jueces, fiscales y del fiscal de Estado. El presidente del bloque justicialista, Víctor Doña, propuso al diputado oficialista Víctor Muñoz Carpino, pero desde el basualdismo, Lucía Sánchez, se opuso y sostuvo que ese lugar le corresponde a las minorías, ya que el Ejecutivo cuenta con un miembro del gabinete en ese cuerpo.

La diputada del Frente Unión Producción y Trabajo destacó que el puesto en el Consejo tiene que ser "de equilibrio", ya que mencionó situaciones en las que el Ejecutivo puede presionar a sus representantes para designar jueces afines. Doña señaló que el equilibrio del organismo está dado por su misma conformación, con dos abogados, un miembro de la Corte de Justicia, un ministro y un diputado. Finalmente, el Justicialismo y el Bloquismo votaron y seleccionaron a Muñoz Carpino como el representante en el Consejo.