2006 En pleno torneo de verano en Mardel, Merlo tuvo que dejar River Plate cuando encabezados por Marcelo Gallardo, los jugadores del plantel millonario lo dejaron solo, cuestionandole su forma de jugar y varios detalles más.
2007 Después de haber hecho historia con Racing, rompiendo una racha de 33 años sin títulos, Mostaza volvió a un segundo ciclo en la Academia pero esta vez, las diferencias con los gerenciadores lo dejaron afuera del club de Avellaneda.
2008 Sin estar demasiado convencido de alejarse de Buenos Aires, Merlo llegó al Barcelona de Ecuador pero sus expectativas no cerraron nunca. Por eso renunció y desató un serio problema judicial que impulsaron los ecuatorianos.
