La autonomía del Banco Central fue establecida por ley en 1995. Por dicha norma, el directorio de la institución tiene estabilidad por seis años. Lo nombra el Poder Ejecutivo con acuerdo del Senado. La remoción sólo puede ser realizada por el mismo Congreso.
La norma, sancionada hace 14 años, buscó limitar la incertidumbre económica al independizar la política monetaria de los avatares políticos, que en el caso argentino han tenido fuerte influencia sobre las sucesivas crisis económicas.
Tomó el modelo de los Estados Unidos, seguido por muchos países del mundo, por el cual el presidente de la Reserva Federal (en la actualidad, Ben Bernanke) es estable e independiente del poder político, mientras que el secretario de Tesoro (Timothy Geitnher) cambia con el Presidente o por su decisión.
El primer presidente del Banco Central argentino tras la modificación de la carta orgánica fue Roque Fernández, que venía ocupando el cargo desde años antes. Lo ejerció hasta 1996, cuando renunció para reemplazar a Domingo Cavallo como Ministro de Economía. Lo sustituyó el entonces vicepresidente de la institución, Pedro Pou, que quedó al frente de la entidad durante más de cuatro años, hasta que hacia fines de 2001 fue desplazado por el presidente Fernando de la Rúa por consejo del Congreso.
En su reemplazo llegó un banquero experimentado, Roque Maccarone, pero su permanencia en el cargo fue breve: renunció al comienzo del gobierno de Eduardo Duhalde. Lo sucedió Mario Blejer y poco después, Aldo Pignanelli. En septiembre de 2002 Alfonso Prat-Gay fue nombrado para completar el período de seis años que en 1998 había iniciado Pedro Pou.
Es así como, pese a la autonomía, entre fines de 2001 y septiembre del año siguiente, se suceden cinco presidentes del Banco Central. Ello tiene una explicación clara: el país vivía la crisis económica y social más grave de su historia. A su vez, Prat-Gay terminó su mandato en septiembre de 2004, enfrentado con la política económica de Néstor Kirchner. Lo sucedió Martín Redrado.
