Otra controversia se sumó al caso de Santiago Maldonado, la investigación por la muerte del joven tatuador que se mostró intrincada desde sus inicios. Un diputado kirchnerista y una legisladora porteña del Frente de Izquierda se unieron para denunciar por mal desempeño ante el Consejo de la Magistratura al primer magistrado de la causa, el juez federal de Esquel, Guido Otranto.

El diputado del FPV Horacio Pietragalla y la legisladora porteña Myriam Bregman pidieron que Otranto sea investigado por el Consejo de la Magistratura, el cuerpo que nombra y remueve jueces, para que que, de corresponder, se formule la acusación correspondiente ante un jury. Los legisladores consideraron que el magistrado tuvo un mal desempeño y actuó de forma "parcial y arbitraria" al ordenar la intervención de las líneas telefónicas del hermano del artesano, Sergio Maldonado y de otros tres testigos.

Según se pudo conocer, la denuncia ya fue derivada a la Comisión de Disciplina y Acusación del Consejo de la Magistratura y fue sorteado el representante de los académicos, Jorge Candis, como consejero instructor para conducir la investigación.

Otranto, primer magistrado a cargo del caso, había ordenado al inicio de la investigación -por pedido de la fiscal Silvina Ávila- realizar escuchas a los teléfonos del hermano del joven (querellante en la causa), de Ariel Garzi (amigo del joven) y de la referente mapuche Claudina Pilquiman. También de Marcela Anarda Stocovaz, una de las personas que estaba en contacto con la comunidad mapuche. La orden de pinchar las comunicaciones fue despachada entre los días 5 y 22 de septiembre del año pasado.

En ese momento, el juez justificó que las interceptaciones eran necesarias ante la sospecha de que los testigos habían ocultado datos en sus declaraciones, que habían registrado múltiples contradicciones. En el caso de Sergio Maldonado, dijo que lo intercepto porque suponía que se comunicaría con los testigos mapuches que no querían presentarse a dar su versión en la Justicia.

Las líneas permanecieron intervenidas hasta el 30 de septiembre, cuando el juez Gustavo Lleral comenzó a intervenir en el expediente. Ese magistrado ordenó dejar sin efecto las pinchaduras y, en los últimos días, ordenó su destrucción. Este juez alegó que se estaba en violación del derecho a la intimidad y, en el caso de Sergio Maldonado, que se habían vulnerado los derechos de las víctimas.

"El mismo 22 de septiembre de 2017, fecha en que fue apartado de la causa por la Cámara Federal de Apelaciones, Otranto ordenó la intervención telefónica de Sergio Maldonado, hermano de la víctima", señalaron los denunciantes. "Se decidió investigar a los testigos y familiares de la víctima ordenando la intervención -completamente infundada y nula de nulidad absoluta- de sus teléfonos, lo que generó de forma automática la violación de los derechos y garantías constitucionales más elementales", agregaron.

Una segunda denuncia, a la que se sumó la diputada Libres del Sur Victoria Donda, pidió que se investigue un allanamiento ordenado por Otranto en la Estancia Leleque de la Compañía de Tierras Sud Argentina SA (del Grupo Benneton), que estaba siendo ocuado por manifestantes mapuches.