A poco menos de un mes para el debut de los equipos sanjuaninos en la Copa Argentina, el Consejo Federal realizó cambios en los cruces de los partidos, sobre todo en la zona del Interior. Alfredo Derito, Presidente de la Liga Sanjuanina de Fútbol, explicó que “se subió a la página de la AFA una programación que no era la correcta”. Por ende, los equipos de la provincia ya no jugarán con los elencos de Córdoba, Mendoza y San Luis cómo se había previsto, sino que lo harán entre ellos a partir de la segunda y tercera instancia (la primera fue de clasificación para equipos de divisiones más bajas).
El debut para los cuatro que militan en el Argentino B será el 7 u 8 de septiembre. Trinidad recibirá a Del Bono, mientras que Alianza hará lo propio frente a Unión. Ambos partidos corresponden a la segunda etapa.
A la semana siguiente, los ganadores de estas llaves jugarán entre sí por la tercera eliminatoria y el vencedor clasificará para codearse con equipos de categorías mayores. En la cuarta etapa, el único sanjuanino que seguirá en compatencia, enfrentará al rival que saldrá de un sorteo y el encuentro se disputará el 21, 22, 28 o 29 de septiembre. En caso que el equipo de estas tierras resulte vencedor, pasará a integrar uno de los cuatro grupos establecidos junto a otros 15 equipos.
Los 64 clasificados en los 32avos. de final serán: 20 de Primera División, 20 de Nacional B (aquí se suman San Martín y Desamparados) y 24 provenientes de la instancia anterior. Dentro de los grupos habrá playoff y se disputarán en 4 sedes elegidas que irán desde el 22 de noviembre al 15 de diciembre.
32 equipos serán los que accedan a 16avos. de final, hasta quedar 8 que jugarán la final de su respectivo grupo (24 y 26 de abril del 2012). Los 4 privilegiados jugarán las semis (15 y 17 de mayo) y la final será la semana siguiente.