La Encefalomielitis equina en los humanos se presenta como un síndrome similar a la influenza (gripe) con síntomas como fiebre, cefalea, nauseas y vómitos frecuentes, rigidez en el cuello y contracciones musculares en las pantorrillas. En los casos más graves se presentan estupores (estado mental de confusión y aturdimiento), estados de coma, parálisis espásticas o flácidas, convulsiones (generalmente en niños), alteraciones en el estado de conciencia, desorientación, somnolencia, hiperacusia, letargia e incluso la muerte.
