Una de las deudas del Estado provincial es con el sector caprino provincial. Toda una paradoja considerando el éxito productivo alcanzado en regiones como Malargüe, en tierras mendocinas, donde la empresa Malarcap exporta cabras y chivitos al mundo musulmán y también comercializa en el mercado interno. Algo similar ocurre con Lavalle.
Pero San Juan a pesar de tener experiencias exitosas como Fecoagro produciendo queso de cabra y la Familia Varela Marinero en Iglesia, aún no existe un modelo exitoso y sólo puras buenas intenciones.
Atrás en la historia quedó la experiencia del tambo caprino pocitano, importando 476 cabras de puro pedigrí de 70 cabañas de Australia y Nueva Zelanda de las razas Anglo Nubian, Saanen, Togemburg y British Alpina. Esta importación fue considerada la segunda en importancia en la historia ganadera argentina desde la presidencia de Domingo Faustino Sarmiento. En la primera década de este siglo San Juan llegó a tener genética de exportación y en el caso de las razas Saanen, llegó a haber unas 4.000 cabezas entre puras de pedigrí y puras por cruza. Esa genética se perdió simplemente por la no ejecución de cualquiera de los numerosos planes caprinos y leyes de fomento que surgieron para apuntalar esta actividad marginal que soporta:
1. Necesidades básicas insatisfechas. En algunos "puestos" los propietarios y/o responsables soportan condiciones infrahumanas de vida.
2. Falta de criterios y capacitación empresarios. Falta de capacidad financiera y físicas para enfrentar nuevos proyectos.
5. Barreras culturales elevadas para creer en nuevos programas de promoción social y oportunidades de negocios.
Según el veterinario Hugo Berenguer, en San Juan existen unos 500 puestos caprinos con unas 70 mil cabezas, de las cuales la provincia alcanza a vacunar contra la brucelosis con los recursos que tiene unos 30 mil animales, habiendo logrado borrar las denuncias de casos en 25 de Mayo y Bermejo entre otras zonas.
Estudios locales marcan que el 90% del chivito en San Juan se comercializa en negro en perjuicio de los productores y el 75% de lo comercializado en blanco proviene de Mendoza.
Para salir de esta problemática podrían crearse una Sociedades Anónimas con Participación Estatal Mayoritaria (SAPEM) como lo desarrollado en La Rioja y avanzar en un plan integral de desarrollo incluyendo aspectos sanitarios, veterinarios y comerciales.