En julio de 2005 asumió el puesto de director técnico de Boca, y sólo un mes más tarde ganó la Recopa Sudamericana 2005. Obtuvo su primer título de Primera División Argentina en el Apertura 2005. Cuatro días más tarde Boca ganó la Copa Sudamericana 2005 frente a Pumas de la UNAM de México. En mayo de 2006, el Coco logró llevar al xeneize a su título local profesional número 22, consiguiendo el Torneo Clausura 2006.
Basile obtuvo su último título como DT de Boca el 14 de septiembre de 2006, al obtener la Recopa Sudamericana. En la final venció al Sao Paulo FC. Con este campeonato, Basile consiguió obtener los cinco campeonatos oficiales en los que fue el técnico del club. El 15 de septiembre fue sustituido por Ricardo La Volpe.
