Daniel Scioli tendrá la difícil tarea de conciliar las diferentes corrientes internas del peronismo, movimiento al que llegó de la mano de Carlos Menem en 1997, cuando resultó electo con el 19% de los votos como diputado nacional.

En 2001 fue reelegido como diputado nacional con el 12% de los votos y ese mismo año, en medio de una severa crisis económica, designado secretario de Turismo y Deporte de Argentina.

En los comicios presidenciales de abril de 2003 se presentó como compañero de fórmula de Néstor Kirchner, cuyo triunfo en las urnas lo consagró como vicepresidente y titular del Senado, cargo que desempeñó hasta diciembre de 2007. Ese año fue electo gobernador de Buenos Aires con el 48,2% de los votos.

Al inicio de la presidencia de Kirchner, la relación con Scioli no fue buena: el vicepresidente intentó tener un perfil alto y Kirchner le respondió desplazando a sus colaboradores en el área de Deportes.