La fuente de agua que abastecía a Vallecito es La Aguada, una vertiente natural ubicada a 6,5 km del santuario en la Quebrada de Las Peñas, al Sur de Pie de Palo. Las lluvias que caen en el cerro son las que bajan por la vertiente hasta el acueducto. El caso del Río San Juan es diferente porque su caudal deriva del derretimiento de los hielos de la cordillera.

Desde la vertiente, el agua se toma gracias a unos muros de hormigón armado y se canaliza en tubos para que llegue hasta Vallecito para ser potabilizada y luego distribuida, según Elizondo. La longitud total del acueducto es de 7.216 metros. Y la cañería es de polietileno de alta densidad de 11 centímetros de diámetro. La obra tuvo un costo total de 750.000 pesos de fondos nacionales.