De acuerdo a la Dirección de Relaciones de Culto y ONG, que funciona en el Centro Cívico, del total de cultos en San Juan (católicos y no católicos) hay un grupo de 10 organizaciones religiosas que son consideradas como las más importantes de acuerdo a la cantidad de fieles que tienen.
Iglesia Católica
Dogma: sus fieles creen en un Dios todopoderoso y en su hijo Jesús, que resucitó de entre los muertos. También en la Virgen María, en la vida eterna y en los Santos.
Fieles: 480.000.
Máxima autoridad en San Juan: Alfonso Delgado.
Sede: Mitre 240 Oeste, Capital.
Judaísmo
Dogma: creen en un Dios eterno, que reveló la Torá y que entregó como heredad perpetua a Israel. Para los judíos, el mayor profeta fue Moisés.
Fieles: 400.
Máxima autoridad en San Juan: Javier Liwsky.
Sede: Avenida Córdoba 139 Oeste, Capital.
I. de los Santos de los Últimos Días (mormones)
Dogma: sus fieles creen en Dios y Jesucristo, en la Biblia y en el Libro de Mormón, al que consideran como otro testamento de Jesús.
Fieles: 7.000.
Máximas autoridades en San Juan: Ariel Noriega y Francisco Zanni.
Sede: Libertador 1973 Oeste, Capital.
Testigos de Jehová
Dogma: creen en un único Dios todopoderoso, llamado Jehová; en que la Tierra será el Paraíso de acuerdo a la Biblia y que 144.000 personas llegarán al Cielo para gobernar con Dios.
Fieles: 3.200.
Máxima autoridad en San Juan: no hay escala jerárquica.
Sede: sin sede principal, son 15 salones de 32 congregaciones.
Iglesia Adventista del 7mo. Día Mov. Reforma
Dogma: su fe está basada en Dios, Jesús y el Espíritu Santo. El movimiento, reformista, considera a su día santo el sábado.
Fieles: 300.
Máxima autoridad en San Juan: Gustavo Leiva.
Sede: Boulevar Sarmiento 767 Oeste, Rawson.
Escuela Científica Basilio
Dogma: buscan revincular al hombre con Dios. Y utilizan una disciplina que investiga la existencia espiritual y su interrelación con los humanos, que llaman Ciencia Espiritual. El objetivo es difundir la Ciencia Espiritual.
Fieles: 250.
Máximas autoridades en San Juan: Marcelo Leiva y Carmen Jubete.
Sede: Avenida Córdoba 535 Oeste, Capital.
Convención Evangélica Bautista Argentina
Dogma: los Bautistas tienen su fundamento en la Biblia. Y la Convención, bajo la guía del Espíritu Santo, colabora en extender el Reino de Dios y fomentar la unidad de las iglesias.
Fieles: sin precisar.
Máxima autoridad en San Juan: Ramón Martínez.
Sede: Benavídez 2676 Oeste, Rivadavia.
Iglesia Evangélica Metodista Argentina
Dogma: su fe se basa en Dios, Jesucristo y el Espíritu Santo. Tiene raíces en la Reforma Protestante del siglo XVI y el movimiento fue impulsado por el inglés John Wesley.
Fieles: sin precisar.
Máxima autoridad en San Juan: Nelly Ritchie.
Sede: Alem 432 Sur, Capital.
Iglesia Asamblea de Dios
Dogma: creen en las Sagradas Escrituras y en un único Dios. El Bautismo en el Espíritu Santo se evidencia en los creyentes por la señal inicial de hablar en otras lenguas.
Fieles: sin precisar.
Máxima autoridad en San Juan: Federico Quinteros.
Sede: Mendoza 405 Sur, Rawson.
Iglesia Gnóstica
Dogma: creen en Cristo y se basan en técnicas para lograr la llamada autorrealización íntima del ser, sustentadas en un nacer, un morir y el sacrificio por la humanidad.
Fieles: 2.000.
Máxima autoridad en San Juan: Carlos Gauna.
Sede: El Carrerito 346 Villa Obrera, Chimbas.