Juan Alberto interrumpió sus actividades profesionales en radio y televisión. Su hija Bárbara contó que su padre fue al médico por un broncoespasmo, pero los estudios detectaron que había un tumor de mediastino ubicado entre el esternón y la columna vertebral. Para enero del 2011 realizaba un tratamiento con quimioterapia con inyecciones diarias para levantar los glóbulos blancos.
Marzo de 2011
La sesión de quimioterapia tuvo resultados clínicos exitosos. El tratamiento seguía adelante para controlar el tumor, debido a ello, perdió peso y requería de muchos cuidados. En un principio, el tumor tuvo dimensiones de un sachet de leche y con el tiempo, se redujo al tamaño de una pelotita de ping pong. El conductor reconoció que la causa del cáncer era por su adicción al cigarrillo.
Diciembre 2011
Ingresó al quirófano para la extracción del tumor que ya estaba entre el corazón y un pulmón. La operación fue excelente y sin complicaciones. Los médicos del Hospital Austral de Pilar lograron extirpar lo que quedaba del cáncer en su cuerpo en cinco horas que duró la intervención. Sin embargo, contra las indicaciones médicas, el animador confesó que fumaba a escondidas.
Mayo de 2012
Después de la superación del cáncer, Juan Alberto Badía vuelve a ser internado en el Hospital Austral por divertículos. Su salud estaba estabilizada, pero se trató de un estudio intestinal de rutina que se realizaba cada tres meses y debía quedarse una noche en la clínica para observación. Al otro día fue dado de alta.
Junio de 2012
El locutor fue internado de emergencia en terapia intensiva el Hospital Austral por una neumonía. Sus familiares rezaron por su salud, tras un paro cardíaco del que fue reanimado posteriormente. Pero con el correr de las horas, entró en coma farmacológico. Pasada la medianoche del jueves, se confirmó su muerte. Su última aparición pública fue en la entrega de los premios Martín Fierro.
