El Consejo Superior de la UNSJ, que preside el rector, en este caso Oscar Nasisi (foto), es el que ejerce la dirección política de la casa de estudios. Está integrado por los decanos de las 5 facultades y representantes del estamento docente, de los alumnos, egresados, personal de apoyo universitario y un miembro de los colegios preuniversitarios.
Entre sus facultades se encuentran las de creación de facultades o establecimientos de enseñanza secundaria y reglamentar la carrera docente, la de investigación y la de creación.
Es en este ámbito que debe decidir si aprueba o no los cambios acordaron en las negociaciones paritarias.
Entre sus atribuciones principales, el Consejo debe aprobar anualmente el presupuesto de gastos y recursos para el funcionamiento de la casa de estudios. También decide sobre los alcances de estatuto, cuando hay dudas, como en este caso.