Desde 2015, las partes ligadas a las causas por delitos de lesa humanidad vienen apostando a la realización del segundo megajuicio, pero el proceso se ha ido demorando. Las complicaciones de deben a varias razones. La primera ha sido la dificultad para constituir un Tribunal. De hecho, los dos magistrados federales locales se han excusado de intervenir por distintas razones y tampoco intervendrán los que condenaron a los represores en el primer megajuicio.

En ese sentido, en todo el país se están llevando adelante varios juicios y los jueces se tienen que turnar para estar presentes en los procesos. Luego de varias idas y vueltas, los magistrados que llevarán adelante las audiencias son Oscar Hergott, que actuará como presidente, Gabriel Nardiello y Sergio Paduczak.
Por otro lado, cuando en las causas se producen los procesamientos, los defensores hacen uso de las apelaciones y recursos de casación, lo que demora el trámite considerablemente porque instancias superiores deben resolverlos. 

Otra razón ha sido la necesidad de acumular varias causas, a los efectos de llevar adelante un gran debate con muchos acusados y por varios hechos, debido al desgaste procesal que significa armar un nuevo pleito.